2003年非典疫情以后，我国运行的传染病网络直报系统对传染病疫情监测发挥了巨大作用。但是由于该系统采取在线填报方式，存在以下几个方面的问题：一是由于采集的是二手主观数据，如果出现对传染病报告信息进行二次加工或者选择性报告等问题，不能够有效监控和避免；二是也不能够对新发疾病实现监测；三是在实际运行过程中还存在过分强调填报完整性等形式主义倾向，增加了基层填报、审核等的工作量。
        随着信息技术的发展和各地卫生信息化建设的推进，优化传染病等重大疾病监测流程，改变主观报告模式为客观获取模式，不仅能够及时准确监测传染病等重大疾病相关信息，更能减轻基层工作负担，释放基层工作压力。为此，提出如下建议：
        一、国家层面统一推进基于各类医疗数据的传染病等重大疾病监测平台。通过医疗机构信息化平台以及各级区域卫生信息平台收集门诊日志、入出院登记本、出院小结、病案首页、处方、检查检验等记录数据，利用大数据、人工智能等技术，自动判断和分级预警各类公共卫生风险，从仅仅监测法定传染病扩展到可以随时监测新发传染病和各类重大疾病，逐步取消传染病网络直报。
        二、进一步推进和完善各级区域卫生信息平台建设，实现纵向信息共享。将原各级各类直报系统集成到各级卫生信息平台，通过各级平台纵向对接共享数据，发挥国家及省市县平台垂直互通作用，逐步取消各类垂直报告系统。
        三、鼓励和推进基层扁平化业务系统建设，实现基层业务横向信息共享。彻底纠正不同层面不同部门分散部署纵向到底业务系统的局面，横向打通基层各业务系统，最大程度覆盖并有机整合各项业务，促进基层业务工作深度融合，在数据层面实现横向信息共享。在此基础上由基层卫生信息平台统一收集各类生产性业务系统客观医疗卫生数据，有效解决信息烟囱过多、基层负担过重、数据真实性等问题。